Le futur site Homme et Biosphère sera doté de mécanismes de gestion:
- un comité de gestion composé de trois collèges (collectivités territoriales et leurs groupements, usagers et personnes compétentes, représentants de l'Etat ou de ses établissements, publics concernés),
- assisté d’un comité scientifique.
En tant que structure porteuse, EPIDOR est chargé d’animer ces instances.

Le comité de gestion s'efforcera de stimuler l'imagination, l’énergie et la bonne volonté des décideurs publics et des populations locales, afin de susciter et soutenir toute action intégrant les questions environnementales dans les activités de développement et de valorisation du territoire. Cette posture revient à inscrire durablement le bassin versant de la Dordogne dans une démarche de progrès, où la prise en compte de l'environnement doit être perçue comme un atout et une chance.

Il recherchera également l’extension de la zone tampon à l’ensemble du réseau hydrographique, favorisera l’adhésion de nouveaux partenaires et préparera la révision de la réserve qui intervient tous les dix ans.

Pour sa part, le comité scientifique proposera des axes de recherche et accompagnera le comité de gestion dans la mise en œuvre d’actions adéquates.